Puedes echar un vistazo a EdX y Coursera para estos cursos. Pero, personalmente, le sugiero que hable con sus amigos y personas mayores del departamento de CS, averigüe los libros que usaron para los temas que mencionó.
Que yo sepa, la mayoría de los cursos en línea no serán profundos y, por lo tanto, ahí es donde entran en juego los libros de expertos. Además, la programación no consiste solo en aprender un lenguaje de alto nivel como Java. Estos idiomas son solo una forma de comunicarse con el sistema y lo que más importa es la lógica y la eficiencia de su código, por lo que es posible que tenga que aplicar teoremas matemáticos, estructuras de datos, etc. y hacer que su código sea óptimo, perfecto para el propósito. Puedes alcanzar este pináculo solo a través de la práctica, puedes revisar los desafíos de la práctica de codificación, competir en el codificador principal, en la Tierra de piratas informáticos, etc.
Pero, ¿importarán todos estos cursos en línea cuando se aplique a MS en CS?
Personalmente, no creo que jueguen un papel de cambio de juego. Una vez que realice estos cursos y adquiera conocimientos, debe trabajar en proyectos independientes en su área de interés, publicar artículos, crear un repositorio de github y, si es posible, realizar una pasantía / trabajo basado en CS puro.
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¡Espero que esto ayude! ¡Todo lo mejor!