Soy un estudiante graduado, así que solo puedo comentar sobre identificar y clasificar las porciones. La parte del contrato está fuera de mi liga, a menos que se refiera a solicitar recursos nacionales de supercomputación.
Así que la respuesta aquí es bastante sencilla. Comience con un modelo a pequeña escala. Vea cuántos recursos toma los huesos pelados.
Mi proyecto de tesis comenzó con un simple prototipo de MATLAB. Esto se ejecutó en mi máquina de escritorio personal (ligeramente dominada). Me dio una pista sobre cuánto tiempo tardó en ejecutarse dependiendo de las entradas simples de mi código. También pude obtener información sobre la memoria y los requisitos de almacenamiento con cálculos simples de respaldo. Esto me dio una estimación de los recursos necesarios.
Entonces comencé a portarlo a C ++ usando MPI y OpenMP. Hasta el momento todavía estoy trabajando en piezas de esto y no he comenzado otras. Pero tengo una mejor estimación del tiempo de ejecución porque ahora estoy mejor preparado para ejecutar las cosas.
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Con mi código C en la mano, le pedí a mi instalación de supercomputación local (en el campus) un pequeño bloque de tiempo para comparar mi código. Esto me permitió ejecutar cosas a escala, pero definitivamente no lo suficiente para recopilar los resultados relevantes para mi tesis. Perdí a través de ese trozo de tiempo, pero estaba limitado en el tamaño de la solicitud. Me moveré a mayores asignaciones de tiempo en los clústeres con mi próxima propuesta. Ahora sé que debo tomar todos mis tiempos predichos y multiplicarlos por un factor de 2–3 para asegurarme de que tengo suficientes recursos para depurar y optimizar el código en el clúster.
Al final, no es una ciencia exacta (no es que nada sea). Comience con una prueba a pequeña escala y una copia de los cálculos del sobre. Obtener algunos estudiantes de posgrado y post-docs sobre el problema. Si es posible, consigue un estudiante de CS que quiera mudarse a tu campo y que te ayuden.