Java y JS son ambos lenguajes de programación, por lo que fundamentalmente tendrán los mismos conceptos pero se implementarán de manera diferente,
java fue diseñado para funcionar en cualquier plataforma, mientras que JS solo se encuentra en la zona de pruebas del navegador.
Java es un lenguaje estricto, mientras que JS es un lenguaje flojo, así que es mejor que empieces a aprender java y después de una buena comprensión de los conceptos en java, puedes aprender JS fácilmente, porque estarás familiarizado con la mayoría de los conceptos de programación.
Java se utiliza para desarrollar muchos tipos de aplicaciones Android, de escritorio, de servidor, embebidas, distribuidas, etc.
Si bien JS es el lenguaje de la web, por supuesto, Java ofrece tanta variedad como JS.
Después de aprender java, debe saber html, css, DOM, interacción Dom-JS, cómo funcionan los navegadores, la carga de scripts, la herencia de prototipos de JS
y conceptos básicos de cualquier lenguaje de programación (JAVA recién aprendido :)).
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Espero que disfrutes el aprendizaje del idioma más utilizado.