Lo que está describiendo es un problema de comunicación y relación con el cliente, no un problema de metodología de proyecto. Esta es la antigüedad, al menos durante los 40 años que estuve en TI, problema de qué quieren y cómo pagan por ello.
La metodología que utilice dependerá más de la naturaleza del negocio de los clientes y de su capacidad para prever sus requisitos. Si su horizonte de planificación es corto, debe ser ágil, pero si es largo puede usar una cascada o un híbrido.
Volvería y miraría la causa raíz de los conflictos. ¿Sus jefes de proyecto le están diciendo que los requisitos de los clientes están cambiando antes de lanzar un nuevo software? Agile puede ayudar con eso.
No dices cuál fue tu precio o cómo lo cambiarías. ¿Estaba cobrando por un lanzamiento de software antes y ahora está pensando en ir a una tarifa de factura por hora? ¿Cómo facturan tus competidores? La metodología de gestión de proyectos no resolverá por sí misma los conflictos sobre la facturación. Es bastante típico que muchos gerentes de negocios no aprecien por qué las facturas de TI son tan altas como son. Por un tiempo, la vieja broma era que el CIO significaba que Career is Over.