Vea los cursos de Serafim Batzoglou (coautor del artículo original del Genoma Humano http://www.nature.com/nature/jou…):
- CS 262: Genómica computacional : http://ai.stanford.edu/~serafim/…
- CS 273: Algoritmos para estructura y movimiento en biología : http://www.stanford.edu/class/cs…
- CS 374: Algoritmos en biología : http://ai.stanford.edu/~serafim/…
Raspe algunos de los materiales de referencia (http://ai.stanford.edu/~serafim/…):
El mejor tutorial sobre HMMs.
Un tutorial sobre modelos ocultos de Markov y aplicaciones seleccionadas en Speech
Reconocimiento: http://www.cs.berkeley.edu/%7Emu…
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GeneFinding
- Genscan: Predicción de estructuras genéticas completas en el ADN genómico humano
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - EasyGene: un buscador de genes procarióticos que clasifica ORF por estadística
significado http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - SLAM – Búsqueda y alineación de genes entre especies con un generalizado
Par oculto el modelo de Markov http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Predicción de estructuras genéticas completas en el ADN genómico humano http://www.idealibrary.com/links…
- Integración de la homología genómica en la predicción de la estructura génica
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Tesis doctoral de Christopher Burge http://genes.mit.edu/burgelab/Th…
Alineación de secuencia
- LAGAN y Multi-LAGAN: herramientas eficientes para la alineación múltiple a gran escala del ADN genómico
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Alineación glocal: encontrar reordenamientos durante la alineación
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - AVID: un programa de alineación global
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - BLAT: La herramienta de alineación local similar a BLAST
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Graseado BLAST y PHI-BLAST
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Pattern Hunter: Búsqueda de homología más rápida y sensible.
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - La estimación de los parámetros estadísticos para las distribuciones de puntaje de alineación local.
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - T-Coffee: un nuevo método para la alineación rápida y precisa de secuencias múltiples
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Ensamblaje de fragmentos
- PERROS – Base de datos de tamaños de genomas http://www.cbs.dtu.dk/databases/…
- Transposons: Mobile DNA http://www.ultranet.com/%7Ejkimb…
- Mapeo genómico por clones aleatorios caracterizados al final, un análisis matemático http://ai.stanford.edu/%7Eserafi…
- Secuenciar un genoma caminando con Clone-End
Secuencias: un análisis matemático http://ai.stanford.edu/%7Eserafi…
- ARACHNE: Un ensamblador de escopeta de genoma completo
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - ARACHNE 2: Ensamblaje de secuencia de genoma completo para genomas de mamíferos
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - El camino de Eulerian para el ensamblaje de fragmentos de ADN.
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi…
Regulación génica y hallazgo de motivos
- Regulación transcripcional del gen de la leucemia de células madre
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Explorando la co-regulación condicional de la expresión del gen de levadura
a través de fuzzy k-means clustering http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Determinación sistemática de la arquitectura de la red genética.
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Identificación de patrones de ADN y proteínas con significancia estadística
Alineaciones de secuencias múltiples http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Detección de señales de secuencia sutiles: una estrategia de muestreo de Gibbs para
Alineación múltiple http://ai.stanford.edu/%7Eserafi…
Campos aleatorios condicionales
- Campos aleatorios condicionales semi-Markov para
Extracción de información
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi… - Campos aleatorios condicionales: una introducción
http://ai.stanford.edu/%7Eserafi…
también
- Durbin et al., Análisis de secuencias biológicas: modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos: http: //www.amazon.com/Biológico …
- Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology http://www.amazon.com/Algorithms…
- Baldi & Brunak, Bioinformática: el enfoque de aprendizaje automático: http://www.amazon.com/Bioinforma…
- Pevsner, Bioinformática y Genómica Funcional: http://www.amazon.com/Bioinforma…
- Des Higgins (CLUSTAL): http://www.bioinf.ucd.ie/publica…
- COGNAC (Comparación de órdenes de genes utilizando algoritmos novedosos y computadoras de alto rendimiento): http://code.google.com/p/cognac
- GRAPPA: Aplicaciones industriales de computación de alto rendimiento para la reconstrucción de la filogenia: http: //citeseer.ist.psu.edu/view…
- ABySS: http://www.bcgsc.ca/platform/bio…
- GATK: http://genome.cshlp.org/content/…
- Bowtie: http: //bowtie-bio.sourceforge.ne…
- Tophat: http://tophat.cbcb.umd.edu/
- Navegador del genoma UCSC: http://genome.ucsc.edu/
- Simposio de verano de MSU sobre dinámica transcripcional, evolución y biología de sistemas: http://www.bmb.msu.edu/GEDD/symp…
- Braga-Henebry, BioCompute: Aprovechamiento de sistemas distribuidos para bioinformática (2009): www.cse.nd.edu/~ccl/research/pubs/pbragahe-thesis.pdf
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