Si y no.
Si desea conocer los conceptos básicos de qué es la “codificación”, entonces Khan Academy es un lugar bastante decente para comenzar.
Sin embargo, utiliza JavaScript, que recomendaría encarecidamente como su primer lenguaje de programación, al menos si realmente desea lograr algo serio.
Por otro lado, realmente no une el código y el HTML hasta el final de la secuencia; La introducción está utilizando Processing.JS, una versión de JavaScript de Processing, que a su vez es una especie de Java simplificado.
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Si su objetivo final es tener un sitio web interactivo, pero están empezando de cero, entonces Khan Academy es una buena opción. Cabe señalar que aunque su “Ciencia de la Computación” también usa JavaScript para ciertos ejercicios, es esencialmente neutral en términos de lenguaje.
Recomendaría aprender a “codificar” en un lenguaje que está diseñado parcialmente para facilitar el uso del programador (es decir, un lenguaje de enseñanza) que también es popular, y ahora mismo Python encaja a la perfección. Hay buenas razones por las que Khan Academy optó por no usarla, pero recuerde que su “Programación por Computadora” es extremadamente introductoria y, de todos modos, pretende enseñarle los conceptos de codificación en lugar de un lenguaje específico.