Claro, esto sucede, y el hecho de que lo haga no es ningún secreto. Todos los gobiernos principales desarrollan tecnologías con fines de defensa y no las publican públicamente. Por ejemplo, el público solo ha tenido acceso a imágenes satelitales de alta resolución durante la última década o dos, pero la tecnología se desarrolló muchos años antes. También se sabe que el Reino Unido desarrolló la criptografía de clave pública antes de que fuera inventada de forma independiente por Diffie y Hellman.
Pero los ejemplos que usas son demasiado dramáticos. La investigación secreta es una porción relativamente pequeña del total mundial, y se concentra en aplicaciones sobre la ciencia fundamental. El Proyecto Manhattan no creó el campo de la física nuclear; simplemente convirtió esa teoría en un arma. Algo así como el viaje en el tiempo, que hasta donde sabemos es imposible, por lo que podría suceder solo después de un gran avance científico, es poco probable que se desarrolle en secreto.