Sería beneficioso para el organismo si el sistema inmunitario pudiera reconocer y responder a muchos tipos de bacterias, virus, hongos o protozoos al unirse a objetivos comunes en ellos. Por ejemplo, sería deseable tener un solo tipo de célula, como un macrófago de barrido que tenga un sistema de reconocimiento que reconozca un patrón molecular común como el LPS encontrado en bacterias gram negativas.
La parte del sistema inmunitario que posee esta capacidad se denomina sistema inmunitario innato. Las células del sistema innato (células dendríticas, macrófagos, eosinófilos, etc.) tienen receptores (receptores tipo Toll 1-10 o TLR ) que reconocen los patrones moleculares asociados con patógenos comunes , PAMP (a veces denominados MAMP, patrones asociados con microbios) . lo que conduce a la unión, engullimiento, transducción de señales, maduración (diferenciación), presentación de antígenos y liberación de citoquinas / quimioquinas de estas células.