¿Qué tan cierta es la frase “X” viene naturalmente a Y cuando Y logra un alto nivel de comprensión intuitiva de X en un lapso de tiempo que está significativamente por debajo del “tiempo típico” requerido?

Según mi experiencia, entiendo “naturalmente” como “intuitivo”, por lo que en ese contexto parece ser muy cierto.
Sin embargo, es posible que Y no haya adquirido la habilidad X correctamente o que solo pueda reproducir X, naturalmente, en un escenario determinado; Y puede que no seas consciente de esta dependencia.

El pharse “X viene naturalmente” es impreciso; porque X podría depender de otros ciertos factores.
Imagina a un atleta amateur Y, practicando un cierto movimiento, por ejemplo, un Tennisplayer practicando un Topspin.
Jugar Topspin puede llegarle naturalmente en un ambiente controlado, por ejemplo. En un combate de combate contra un amigo. A pesar de eso, en un torneo expuesto a alta presión, para Y, jugar el Topspin, cómo practicó, podría no ser tan natural.
como se usa uno para ver. Y podría jugarlo incorrectamente o incluso evitar jugar a Topspin en un nivel consciente o inconsciente.

Otro aspecto que vale la pena mencionar es que X puede llegar naturalmente a Y hoy, pero Y no podrá reproducir X mañana.
Es posible que X no se internalice de manera suficientemente sostenible y estable debido a la falta de práctica.