La mejor respuesta que se me ocurre se relaciona con nuestra mayor comprensión del universo en el que vivimos. Se pensaba que fenómenos como la salida y la puesta del sol (y otros cuerpos celestes) eran sucesos sobrenaturales. Hoy entendemos mejor la física detrás de ellos.
En relación con los fenómenos sobrenaturales del tipo relacionado con los fantasmas u otras entidades, el mejor ejemplo de un fenómeno que se considera sobrenatural pero que ya no se cree que sea verdadero es el del vampiro.
La muerte por tuberculosis a menudo resultaría en cadáveres que parecían sangrar por la boca. Antes de que la tuberculosis fuera diagnosticada como una enfermedad, se suponía que las personas que murieron de consumo (como se refería comúnmente a la enfermedad) habían sido mordidas por vampiros y posiblemente destinadas a convertirse en no-muertos.
Por supuesto, existen varios relatos históricos intrigantes que exploran el tema (vampirismo) y algunos de estos no pueden ser fácilmente ignorados como engaños o divagaciones ignorantes.
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