La evidencia de un ancestro común universal es muy fuerte. Cada forma de vida examinada tiene un código genético que es idéntico o aproximadamente 99% idéntico al código genético de todas las demás formas examinadas.
De manera análoga, si descubriera que todos los libros del mundo estaban escritos en inglés, y la mayor variación es la diferencia entre el inglés americano y el inglés británico, no pensaría que el inglés se inventó de manera independiente en múltiples lugares. Hay un origen común.
Además, muchos de estos libros (organismos) tienen oraciones y párrafos idénticos, algunos tienen capítulos idénticos. Las cadenas cortas al texto pueden coincidir por coincidencia, pero compartir cadenas idénticas de textos progresivamente más largos aumenta drásticamente las probabilidades de relación.
En los tiempos modernos las diferencias se pueden contar literalmente en el genoma. Si toma la secuencia para, por ejemplo, hemoglobina, y compara esa secuencia en múltiples especies (humano, chimpancé, perro, oso, vaca, ballena, etc.), generará un árbol de formas más y menos similares. Si luego considera otra secuencia (por ejemplo, para la insulina) obtendrá el mismo árbol . La cantidad de árboles posibles entre un grupo de organismos crece rápidamente para ser colosal, pero el mismo árbol se dibuja y se vuelve a dibujar. Si este no es un árbol genealógico, se nos pide que llamemos a esto una coincidencia, o un movimiento conspirativo por parte de un diseñador para hacer que los organismos parezcan evolucionados.
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Este análisis se aplica, además, a los intrones, las partes de una secuencia genética que se editan y no contribuyen a la estructura de la proteína. Esto elimina la preocupación por el parecido accidental basado en la evolución convergente. Dos autores que escriben sobre el mismo tema pueden converger en las mismas oraciones, pero es difícil creer que tengan los mismos errores de ortografía y los primeros borradores de manera independiente.