¿Un microscopio óptico?
Es una combinación del color de la luz que incide sobre el objeto (que normalmente está diseñado en este escenario para ser blanco neutro) y el verdadero color de pigmento del objeto debajo del objetivo, o en algunos casos por iridiscencia, que es difícil de explicar pero es causado por microestructuras en el sujeto en la escala de la longitud de onda de la luz que hace que la luz rebote de forma extraña.
Si te refieres a algunas imágenes SEM que ves, esos colores son de la imaginación de alguien, están pintados en el procesamiento posterior.
Editados para agregar, en el caso de tomas SEM coloreadas, al menos de sujetos más grandes que se pueden ver ópticamente, es completamente posible que alguien haya intentado copiar los colores que ha visto en una imagen óptica. Sin embargo, estos todavía terminan mirando “falso” a mi ojo.
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Editado para agregar mas como ahora puedo ver tu comentario.
Los fondos de luz suelen provenir de algún tipo de retroiluminación, la iluminación se encuentra debajo del sujeto y se ilumina, atraviesa y rodea la lente. Por lo general, se utiliza para temas en su mayoría transparentes como muchos microbios de agua.
Los fondos oscuros a menudo provienen de una técnica de microscopio llamada campo oscuro. No estoy seguro de poder explicarlo bien aquí, busque en Google algo así como “Cómo funciona un microscopio de campo oscuro” para obtener más información.
Algunos temas, como las secciones transversales delgadas de los tallos de las plantas, a menudo se tiñen con diferentes elementos que tiñen las diferentes partes en diferentes colores.