Como estudiante de bioquímica, ¿qué lenguaje de programación debería aprender?

Answer 1

Gracias por A2A.

Mick Stute tiene razón.

Yo escogería Python primero y pasaría bastante tiempo con él. Es un lenguaje fácil de aprender y puede llegar muy lejos con relativamente poco esfuerzo.

Un curso de python para principiantes muy bueno (gratis) es el de Coursera.

https://www.coursera.org/course/…

Cubrirá los conceptos básicos de python (y programación) bastante bien de una manera muy divertida y fácil. Hay otros cursos introductorios de python en Coursera y en otros lugares también. Por ejemplo en edx

CS para todos: Introducción a la informática y la programación en Python

Una vez que haya pasado por uno de estos, hay un número infinito de recursos para aprender python. Por ejemplo, en Quora mira estos hilos.
(en particular sus wikis con muchos enlaces)

¿Cómo aprendo Python?
¿Cuáles son los mejores recursos para comenzar a aprender Python?

También hay varios libros que repasan python en bioinformática con diferente énfasis en bioquímica.

Un libro reciente es

Programación de Python para biología, bioinformática y más allá por Tim Stevens y Wayne Boucher

Esto es más que un libro de programación: los primeros 10 capítulos están en el material cubierto en el curso de python anterior y el resto del libro (los últimos 17 capítulos) aplican python a diferentes problemas en biología molecular, se dedica al aprendizaje automático utilizando python, etc. Sin embargo, está dirigido a la persona con poca o muy poca experiencia en programación.

Answer 2

R o Python para la creación rápida de prototipos, pero si estás haciendo estimulación química, necesitarás algo muy rápido. Cuando hagas miles de millones y miles de millones de cálculos necesitarás un código nativo. Recomiendo C o C ++ y en este caso, C puro está bien.

Python 3 vs C gcc

Tenga en cuenta que Python es aproximadamente 34 veces más lento que C. Para el álgebra lineal tiene BLAS y LAPACK e incluso mejor que tenga (ATLAS) el software de álgebra lineal sintonizado automáticamente, que es el motor de álgebra lineal más rápido que existe. Cuando compile ATLAS, asegúrese de leer la instalación completamente y cree una instalación “LAPACK completa” para que solo necesite ATLAS.

Java es una opción decente, así como la velocidad, excepto que usa mucha más memoria y una cosa grande: Lua.

El otro componente que debes aprender es Lua. Lua fue diseñado para integrarse en otros idiomas y tiene una gran interfaz en C. Con marcos como Torch, C y Lua son, IMO, la mejor opción para la computación científica. Torch utilizará las GPU que puedes hacer en C con CUDA u OpenCL, pero Torch básicamente configurará el marco, lo compilará y los recogerá de nuevo en C.

Answer 3

Depende de cuánto tiempo quiera dedicar a aprender el idioma, C ++ es definitivamente una buena opción, pero es más difícil aprender Java. Aunque después de aprender Java, eventualmente tendrás que aprender C ++ para seguir avanzando en su uso y creo que Java es mucho más útil que C ++ porque se usa para más cosas.
Si buscas aprender un lenguaje sencillo, creo que Python sería la mejor opción.
Aprendería Java porque es más útil y, con él, podría crear aplicaciones móviles para poder tener siempre a mi alcance los programas que necesito. Actualmente estoy usando un software de desarrollo de aplicaciones llamado NEST y realmente he sido capaz de crear pequeños índices bioquímicos sin ningún tipo de codificación, pero si desea crear una aplicación que sucediera después de eventos como la desnaturalización y durante la síntesis, eso requeriría Codificación que también puede hacer.

Answer 4

Python o R. Hace unos años, durante mi primer año de secundaria, quise fusionar mis intereses con la bioinformática y todo parecía centrarse en Python o R. Aunque odio a R y tendría que poner python antes.

Answer 5

Un lenguaje interpretativo de alto nivel, como Python o Ruby.