Ninguno de los dos escenarios es muy probable. Si las máquinas inteligentes alguna vez deciden que los humanos deben ser exterminados, me imagino que desencadenarán algún tipo de nano-plaga, y no construirán ejércitos de robots humanoides para hacer el trabajo.
Pero si una inteligencia computacional decide que no puede coexistir con los humanos, ¿por qué no dejar la Tierra por completo, ir a Marte o Venus y establecer su civilización de máquinas allí, sin nadie que se oponga a ella? Deje que los humanos primitivos (una raza que, después de todo, tenga algún interés histórico) continúen en el único planeta donde estos adictos al oxígeno pueden prosperar.
El escenario de Matrix no tiene sentido, si la motivación es extraer energía de los cuerpos humanos. Si los cuerpos vivos generan tanta energía, las máquinas deberían estar desarrollando ballenas o vacas o lo que sea, no la única especie de ONE que se rebelará si a veces escapan de la Matriz. (Además, un mundo virtual mucho más simple sería suficiente para mantener felices a las vacas o las ballenas). Honestamente, la única razón por la que las máquinas querrían mantener un gran número de humanos conectados a un mundo virtual sería como una especie de experimento social, tener una sociedad 100% observable que produce un conjunto de datos completamente exhaustivo.