Los principales problemas con el cogito como lo describen otros han sido:
- Reconociendo la certeza de la propia existencia sobre la base del pensamiento, ya que dudar es una forma de pensamiento, es cuestionable si podemos inferir algo más de ella. El único paso que da Descartes es apelar a la benevolencia de Dios para que confíe en su percepción sensorial del mundo externo y otras mentes. Cuando usar una característica de Dios como justificación se vuelve problemático, como lo hizo para los filósofos de la Ilustración, el idealismo y la fenomenología dominantes del siglo XIX parecen ser la única conclusión y enfoque racional.
- Después de 1, aunque reconoce la necesidad de un acuerdo objetivo, o al menos intersubjetivo, sobre el conocimiento, el escepticismo metodológico de Descartes que conduce al cogito como primer principio se vuelve cuestionable. Vimos esta reacción en la tradición múltiple del siglo XX, incluido el realismo del sentido común, el pragmatismo y el positivismo lógico. Parece que el tipo de certeza epistémica requerida al comenzar con dudar de todo no nos da lo suficiente para basar nuestras intuiciones de sentido común, decisiones pragmáticas o incluso nuestros métodos empíricos. Se puede argumentar que la ciencia nunca despegó hasta que abandonamos esas rígidas restricciones indubitables sobre la justificación epistémica.
- Más recientemente, el “yo” subjetivo como una entidad significativa ha sido sometido a escrutinio. Sam Harris es un gran ejemplo de alguien que argumenta desde un punto de vista neurocientífico que su “yo” es una ilusión. Si no hay un yo para atribuir la existencia, el cogito falla.