La genética clásica fue la genética que precedió a la biología molecular. Los científicos en esos días no tenían la capacidad de manipular enzimáticamente el ADN o sintetizar un nuevo ADN, por lo que todos los estudios tenían que realizarse mediante experimentos de mejoramiento.
Una vez que las personas se dieron cuenta de que los factores que influyen en los rasgos podrían estar físicamente vinculados entre sí (lo que violaba las suposiciones de la genética mendeliana), se dedicó mucho tiempo a realizar cruces intencionados para realizar el mapeo de recombinación.
Vinculación genética
En ese entonces, la única forma de garantizar el genotipo de un individuo en particular era generar líneas puras para los rasgos que deseaba (asegurándose de que fueran homocigotos para el alelo) y luego realizar los cruces necesarios para generar el genotipo que deseaba.
Básicamente, la genética clásica tomó para siempre, y realmente apestaba. Por ejemplo, la mayoría de las plantas se reproducen una vez cada 6 meses en el mejor de los casos, por lo que la creación de una sola línea consanguínea de 6 generaciones tomó 3 años. Y eso fue antes de que comenzaras los experimentos. Tuvo que alojar y alimentar a los organismos durante todo ese tiempo, hacer un seguimiento de cientos de individuos y mantenerlos separados para que no se apareen de una manera que usted no quiere (es decir, debe poner bolsas en cada flor). el invernadero para que no polinicen accidentalmente, luego hacen la polinización a mano …)
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En la genética molecular moderna, podemos manipular y “leer” fácilmente el ADN, primero a través de enzimas de restricción, luego a través de la síntesis de novo de ADN y técnicas modernas de biología sintética como el ensamblaje de gibson. Podemos secuenciar el ADN mediante PCR y la secuenciación de sanger de cualquier organismo, o secuenciar genomas completos mediante la secuenciación de la próxima generación. Esto significa que ya no necesitamos hacer líneas puras para saber que una persona es homocigótica, solo podemos secuenciarlas. En sistemas modelo en los que podemos insertar ADN extraño en el genoma del hospedador, podemos sintetizar fragmentos de ADN completamente nuevos y lograr que el hospedador lo incorpore (así es como hacemos ratones que brillan de color verde con GFP) 
Podemos hacer mutaciones específicas en los genomas en lugar de tener que criar individuos durante años con la esperanza de que obtengan la mutación correcta y verificar que la mutación se insertó con la secuenciación. Podemos secuenciar un genoma completo para dos organismos relacionados, hacer coincidir los genes que son similares e introducir la versión del gen de un organismo en el otro. Con el reciente descubrimiento de TALENS (nucleasa de un efector activador de la transcripción), ahora podemos editar genomas dentro de las células del organismo huésped, lo que significa que la tecnología molecular se puede aplicar a organismos en los que antes era imposible la inserción de ADN extraño.