Depende de lo que está haciendo. En algunas áreas, está limitado por paquetes de software específicos que pueden funcionar solo en una plataforma determinada. Si la aplicación es muy especializada, solo puede haber una aplicación utilizada por todos en el campo, y esa aplicación fue escrita por un académico que la escribió para la plataforma con la que se sentía más cómodo.
Trabajo en biotecnología y siempre he estado involucrado en una u otra forma de bioinformática o química computacional. Casi todas las aplicaciones en estas áreas están basadas en UNIX y Linux y OS X son, con mucho, la plataforma más prevalente. Incluso los investigadores que usan Windows en su escritorio ejecutan sus trabajos en el entorno UNIX (de forma remota).
De la misma manera, todos nuestros programadores de estadísticas clínicas utilizan SAS, que se ejecuta en un servidor Linux y al que accede un cliente Windows.
Mi experiencia general es que casi toda la computación básica (particularmente en ciencias de la vida) y una creciente cantidad de instrumentación están migrando a Linux. La mayoría de los investigadores, aquellos que tienen una opción, tienden a usar un sistema operativo de escritorio, independientemente de lo que les resulte más productivo. Hace poco asistí a conferencias sobre bioinformática, MEMS y visualización de datos, y en ellas el hardware de Apple es claramente dominante (supongo que con OS X y bastante con software de máquina virtual para ejecutar otros sistemas operativos al mismo tiempo).
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En el trabajo, Windows es dominante en todas las funciones que no son de investigación (aunque los ejecutivos senior parecen ser personas de Mac en este momento; reciben lo que piden).