Soy parcial a .Net, pero casi todos los años obtengo un proyecto relacionado con Java.
En general, casi todas son ventajas, ya que ambas son especializaciones populares con un gran mercado laboral que no desaparecerá pronto. También hay nuevos niños que se están volviendo populares, pero a las grandes empresas generalmente les gusta la tecnología más antigua y probada. Por lo tanto, una ventaja importante es la seguridad en el empleo, si se hace bueno en la carrera que está iniciando, tendrá oportunidades por algún tiempo.
Puede encontrar mentores o trabajos donde trabajan más desarrolladores senior para que pueda aprender de ellos. Eso es algo que es más difícil con las nuevas tecnologías brillantes.
.Net se está moviendo más rápido, ya que es más importante para la estrategia de Microsoft que Java para Sun. Así que preveo un poco más de oportunidades futuras en el espacio .Net, especialmente porque está abriendo plataformas que no son de Windows (verifique Xamarin, el mundo de Java no tiene algo similar ahora).
Hay desventajas, por supuesto. A largo plazo, debe ser lo suficientemente flexible como para aprender otras tecnologías; en algún momento. .Net y Java pueden llegar a ser como Cobol, que aún se utilizan pero con mercados de trabajo mucho más pequeños. Nunca debe especializarse hasta el punto de estancarse, pero esas dos son buenas selecciones para comenzar una carrera en este momento.
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