Aunque no se basa totalmente en la ciencia, el pastafarianismo fue creado en defensa de la ciencia. Creen que el invisible e indetectable Flying Spaghetti Monster creó el universo, incluida la vida en la tierra. El monstruo del espagueti volador plantó el registro de fósiles, los resultados de la datación por radiocarbono, la aparición de cambios en las frecuencias de los alelos a lo largo del tiempo, etc., para poner a prueba la fe de los creyentes.
La teología del pastafarianismo se desarrolló en protesta por la decisión de 2005 de la Junta de Educación de Kansas para permitir la enseñanza del Diseño Inteligente como una alternativa a la evolución en las escuelas públicas. El argumento era que el pastafarianismo también debería enseñarse como una alternativa en las escuelas públicas, ya que había tanta evidencia científica para el pastafarianismo como para el diseño inteligente. La mayoría de los miembros de la junta escolar que apoyaron el Diseño Inteligente fueron eliminados en las próximas elecciones y reemplazados por nuevos miembros que rechazaron la enseñanza del Diseño Inteligente en 2007.
El pastafarianismo también fue fundamental para disuadir a la Junta Escolar del Condado de Polk en Florida de adoptar nuevos estándares científicos que incluían la enseñanza de Diseño Inteligente. Los habitantes de Pastafarians exigieron que la historia de creación del Flying Spaghetti Monster fuera igual en las escuelas públicas que en el Diseño Inteligente. La controversia que surgió con éxito disuadió a la Junta Escolar de incluir el Diseño Inteligente en el plan de estudios.
El pastafarianismo no carece de evidencia científica. Una de sus creencias es que los piratas son seres divinos, y la reducción masiva de piratas en los últimos siglos es responsable del calentamiento global. Esto está claramente respaldado por la evidencia:
- ¿Qué rama de la ciencia es la más ignorante de su propia historia?
- ¿Es posible desarrollar un microondas inverso?
- ¿Cuál ha salvado más vidas: la ciencia o la religión?
- ¿Es el tiempo algo infinito?
- ¿Qué es una hipótesis científica?
Sin embargo, no está claro si los piratas somalíes están incluidos en el conjunto de piratas divinos.