Primero, como han dicho otros, no estoy seguro de que todos los científicos crean que los humanos son capaces de comprender por completo estos reinos; solo están tratando de obtener la mejor comprensión posible.
Segundo, no hay duda de que las cosas que ocurren en escalas medias de tiempo y espacio son más intuitivas para nosotros, probablemente porque esas eran nuestras circunstancias evolutivas. Nuestras mentes no son arrastradas por la caída de la manzana como lo son por el cosmos inflacionario o por la indeterminación cuántica.
Lo sorprendente es que una combinación de matemáticas y el método científico nos lleva tan lejos en ámbitos en los que no tenemos buenas intuiciones. Y no es una ilusión que nos haya llevado a alguna parte, porque el uso de esas herramientas ha permitido a los humanos hacer predicciones muy buenas a pequeña y gran escala.
¿Por qué la evolución nos hace buenos en matemáticas y en el método científico? Bueno, probablemente no somos especialmente buenos en ninguno de los dos. Estos son tipos de pensamiento que las personas consideran una tensión, tienen que pasar por una educación rigurosa para aprender a hacerlo y (en el caso del método científico) tienen que luchar constantemente contra los prejuicios cognitivos naturales para tener éxito.
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En cuanto a por qué los humanos pueden hacer matemáticas en absoluto (ya que no había matemáticas reales en la sabana) no creo que nadie sepa la respuesta, pero está de moda especular que se extrae de nuestra capacidad para el lenguaje, que a su vez fue desarrollado para Coordinación de grupos pequeños y (especialmente) para chismes.