La mayoría de los isótopos son químicamente muy similares. Es bastante difícil separar U235 de U238, por ejemplo, porque la química de los dos es increíblemente similar.
Esto se extiende hasta los elementos más ligeros, como He y Li; los isótopos, He3 y He4, tienen propiedades ligeramente diferentes a temperaturas criogénicas. He3 tiene un punto de ebullición más bajo que He4, y como líquidos son inmiscibles. A temperatura ambiente, sin embargo, son difíciles de distinguir.
De manera similar, Li6 y Li7 se comportan de manera ligeramente diferente en algunos sistemas químicos, como las reacciones de desplazamiento en ciertos minerales, especialmente en las arcillas, pero por lo demás son casi lo mismo.
Este no es el caso de los isótopos de hidrógeno protio, deuterio y tritio. Estos tres isótopos son tan distintos que son elementos casi diferentes. La fuente más común de deuterio es el agua de mar que contiene un par de cientos de ppm de HDO. Cuando se aísla y se convierte en D2O (agua pesada), tiene propiedades tan diferentes del H2O que gran parte de ella es fatal para muchos, si no la mayoría, de los sistemas biológicos.
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