El producto de desecho obvio es el oxígeno, aunque este no es realmente un producto de desecho para las plantas fotosintéticas y las algas porque tienen mitocondrias que necesitan el oxígeno. Por lo tanto, llamaría al oxígeno un producto excedente en lugar de un producto de desecho.
Sin embargo, hay otros productos indeseables en la fotosíntesis. El fosfo-glicolato es un subproducto de la fotosíntesis (resultado de la llamada fotorrespiración) y las plantas tienen un proceso elaborado para reciclar este químico tóxico (las algas simplemente lo escupen en el agua para que las bacterias las coman). Otro subproducto es ROS (abreviatura de especies reactivas de oxígeno). ROS es una categoría de radicles libres reactivos que oxidan y dañan las proteínas, el ADN, los lípidos y casi cualquier otra cosa. Es por eso que los vegetales verdes son tan ricos en antioxidantes (los protege de los ROS producidos por la fotosíntesis).
También hay una serie de proteínas en la fotosíntesis que se rompen con frecuencia y deben reemplazarse (la más famosa es la subunidad D1 del complejo Fotosistema 2), por lo que las formas rotas de estas proteínas son productos de desecho que se reciclan rápidamente para hacer proteínas de reemplazo.
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