¿La ciencia confunde la lógica?

No estoy seguro de lo que estás preguntando exactamente aquí, pero déjame intentarlo. Ciertas cosas en la ciencia parecen ser ilógicas (la desigualdad de Bell, los experimentos de elección tardía, etc.) pero en realidad son extremadamente lógicas.

Lo que la ciencia hace es, en ocasiones, desafiar el sentido común . Pero el sentido común puede, en ocasiones, ser totalmente erróneo e ilógico. El sentido común se desarrolló a partir de su capacidad para ayudarnos a sobrevivir en el curso de la evolución y no guarda relación alguna con ninguna lógica o veracidad: lo único que contó fue la conclusión de si funcionó para ayudarnos a sobrevivir o no.

La ciencia es extremadamente lógica y, de hecho, nos ayuda a identificar áreas en las que nuestro sentido común está mal.

Aquí hay un ejemplo: su sentido común le dice que prácticamente no hay forma de que esté respirando al menos una de las moléculas de aire que, por ejemplo, Julio César estaba respirando en su último aliento, en el mismo instante en que estaba diciendo ‘et tu, Brutus’. La ciencia demuestra que la probabilidad de que respires una de estas moléculas en este momento es de aproximadamente 99.99%

No. No veo cómo podría. Confunde las suposiciones humanas, por ejemplo, muchas personas piensan que la física cuántica es ilógica. No lo es Sin embargo, es muy diferente al mundo que vemos a nivel macroscópico. Pero no es ilógico.