Dudo mucho que Dios haya jugado un papel en colorearnos a todos de manera diferente.
Creo que sería debido a las diferentes cantidades de luz solar que reciben las diferentes áreas en todo el mundo.
Esto es lo que Wikipedia tiene que decir al respecto:
El color de la piel humana varía en variedad desde el marrón más oscuro hasta los tonos más claros de color blanco rosado. La pigmentación de la piel humana es el resultado de la selección natural. La pigmentación de la piel en seres humanos evolucionó para regular principalmente la cantidad de radiación ultravioleta que penetra en la piel, controlando sus efectos bioquímicos.
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El color real de la piel de diferentes seres humanos se ve afectado por muchas sustancias, aunque la sustancia más importante que determina el color de la piel humana es el pigmento melanina. La melanina se produce dentro de la piel en células llamadas melanocitos y es el principal determinante del color de la piel de los humanos de piel más oscura. El color de la piel de las personas con piel clara está determinado principalmente por el tejido conjuntivo blanco azulado que se encuentra debajo de la dermis y por la hemoglobina que circula en las venas de la dermis. El color rojo que subyace en la piel se hace más visible, especialmente en la cara, cuando, como consecuencia del ejercicio físico o la estimulación del sistema nervioso (ira, miedo), se dilata las arterias.
Existe una correlación entre la distribución geográfica de la radiación UV (UVR) y la distribución de la pigmentación de la piel indígena en todo el mundo. Las áreas que destacan cantidades más altas de UVR reflejan poblaciones de piel más oscura, generalmente ubicadas más cerca del ecuador. Las áreas que están lejos de los trópicos y más cercanas a los polos tienen una menor concentración de UVR, que se refleja en las poblaciones de piel más clara.