Los científicos no dicen que el ADN esté codificado con letras. Decimos que el ADN es un polímero de purina y pirimidina nucleótidos unidos por un esqueleto de desoxirribosa. Como resumen, escribimos la secuencia de los nucleótidos en el polímero usando la primera letra de cada uno de los nombres químicos para las bases: A denine, T hymine, C ytosine y G uanine. Y, tenemos una convención para el orden en que los escribimos (en base a los enlaces entre los átomos de carbono en la columna vertebral, designados 5′-3 ′).
¿Podemos ver el código (bases individuales) en un microscopio? No. Son demasiado pequeños para ver las bases individuales. Las bases tienen alrededor de 0,5 nanómetros de ancho, mucho más pequeñas que una longitud de onda de luz visible. Sin embargo, es posible etiquetar las bases para poder diferenciarlas con un microscopio electrónico de exploración de túneles.
Sin embargo, no utilizamos microscopios para secuenciar el ADN. Hay muchas maneras de hacer la secuenciación de ADN. Probablemente has visto los geles de secuenciación de Sanger (dideoxy) en las películas:
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La secuenciación de Sanger agrega una etiqueta radioactiva a una sustancia química que termina la elongación del ADN en una de las cuatro bases (A, T, G o C). Pones lo suficiente para que a veces se detenga en una posición, pero a veces no lo hace y llega a la próxima vez en la secuencia donde aparece esa letra. Esto le proporciona cuatro lotes de ADN que se han dejado de alargar, un lote con A aleatorias, uno con T al azar, etc. Luego, coloca una muestra de cada lote en un agujero perforado en una placa de gel de poliacrilamida y aplica una corriente al gel. El ADN sigue la corriente como si fuera jalado por un imán y cuanto más larga sea la pieza, más lento se mueve a través del gel. Después de un tiempo, coloca una lámina de película de rayos X sobre el gel y luego la desarrolla. Esto da un patrón de bandas llamado “escalera” que puedes leer como una secuencia de ADN.
Excepto que esto es lento, laborioso, utiliza materiales radioactivos y poliacrilamida tóxica; no es práctico para secuenciar una gran cantidad de ADN. En su lugar, los secuenciadores de ADN modernos replican el ADN con etiquetas fluorescentes adheridas y las dibujan a través de un tubo muy delgado (tan delgado, que parece una fibra óptica) y conectan el ADN con un láser para que brille al pasar por el tubo. Luego, un sensor óptico puede leer la secuencia de ADN grabando los destellos de color que ve. Esto se hace en cientos de pequeños tubos capilares al mismo tiempo, por lo que es posible secuenciar genomas completos en un día por poco dinero (alrededor de $ 1000, y cada vez más barato y más rápido).